L’IRTA es una empresa pública de la Generalitat de Catalunya, regulada per la Llei 4/2009 de 15 d’abril del Parlament (BOE de 23 d’abril de 2009), que ajusta la seva activitat a l’ordenament jurídic privat. S’articula sota un consell d’administració, presidit pel conseller o consellera del Departament d’Agricultura, Ramaderia, Pesca i Alimentació, varies direccions sota el comandament de la direcció general, i una llista de programes de recerca.