El IRTA es una empresa pública de la Generalitat de Catalunya, regulada por la Ley 4/2009 de 15 de abril del Parlamento (BOE de 23 de abril de 2009), que ajusta su actividad al ordenamiento jurídico privado. Se articula bajo un consejo de administración, presidido por el consejero o consejera del Departamento de Agricultura, Ganadería, Pesca y Alimentación de la Generalitat de Catalunya, varias direcciones bajo el mando de la dirección general, y una lista de programas de investigación.