La Plataforma de Bioimagen es un servicio científico-técnico integrado completamente dentro de un entorno de alta biocontención (NBS3). Esta singularidad sitúa a IRTA-CReSA entre los pocos centros en el mundo que ofrecen servicios de bioimagen avanzada directamente en un entorno preparado para trabajar con patógenos de alto riesgo y, por tanto, permite abordar preguntas científicas que serían inviables en otros contextos.
La Unidad de Alta Biocontención de IRTA-CReSA forma parte del nodo RLABS, la Infraestructura Científica y Técnica Singular (ICTS) de alta biocontención del Estado español. Las ICTS son instalaciones estratégicas y únicas que proporcionan servicios científicos de alto nivel y garantizan los máximos estándares de seguridad, calidad y accesibilidad para la comunidad investigadora.
Gracias a esta integración dentro de una ICTS, la Plataforma de Bioimagen de IRTA-CReSA es única en España. Ofrece tecnología de imagen avanzada en un entorno NSB3 y hace posible la realización de estudios complejos en presencia de agentes infecciosos con total seguridad y rigor normativo.
Los miembros que conforman la Plataforma de Bioimagen ofrecen asistencia en el diseño experimental, la adquisición y el análisis de datos, así como formación integral y soporte técnico para garantizar un uso óptimo de nuestras instalaciones y equipamiento. En definitiva, se garantiza un servicio integral que cubre todas las fases de la investigación basada en bioimagen y se ofrece un acompañamiento continuado para asegurar resultados sólidos y transferibles.
Nuestro equipamiento avanzado permite trabajar tanto con muestras vivas como con muestras fijadas o criopreservadas, manteniendo siempre las condiciones óptimas de seguridad e integridad dentro de las instalaciones NSB3.
El confocal Stellaris 8 es un microscopio invertido que permite trabajar de forma óptima con célula viva gracias a la cabina incubadora que garantiza las condiciones fisiológicas durante sesiones de adquisición prolongadas. Está equipado con un láser blanco que cubre un rango de 440–790 nm y con tres detectores HyD S en modo photon counting, que proporcionan una sensibilidad excelente y permiten cuantificar el tiempo de vida media de la fluorescencia mediante el módulo TauSense.
Este mismo sistema incorpora el módulo Digital LightSheet (DLS), que amplía sustancialmente sus capacidades y permite trabajar con muestras más voluminosas, tanto vivas como fijadas y clarificadas, para lograr una mayor penetración en el tejido. El DLS posibilita una adquisición de alta velocidad minimizando al mismo tiempo el photodamage, lo que lo convierte en una plataforma ideal para experimentos dinámicos y para la generación de mapas tridimensionales con una mejor preservación de la muestra.
El IncuCyte SX5 es un sistema de adquisición automatizada integrado dentro de un incubador, que permite monitorizar procesos celulares de forma continua y no invasiva a lo largo del tiempo. Gracias a esta arquitectura, es posible estudiar dinámicas biológicas en condiciones estrictamente controladas, sin interrumpir la estabilidad del cultivo.
Está equipado con módulos de fluorescencia verde, naranja y NIR, e incorpora herramientas de análisis avanzadas, incluidos módulos de segmentación basados en inteligencia artificial. Estas herramientas permiten cuantificar proliferación, movimiento celular, morfología, interacciones y respuestas a infecciones con alta precisión y reproducibilidad.
En IRTA-CReSA, el sistema está plenamente integrado dentro del entorno NSB3, lo que permite la visualización en tiempo real de muestras infectadas o con patógenos de alto riesgo. Esta singularidad abre la puerta a estudios de infección dinámica imposibles de llevar a cabo en condiciones convencionales, siempre con la máxima seguridad y cumplimiento normativo.
Para dar respuesta a la necesidad de procesar las muestras sin que estas tengan que salir del entorno NSB3, la Plataforma de Bioimagen dispone de un criótomo Leica CM3050 que permite seccionar muestras incluidas en OCT preservando al máximo la antigenicidad del tejido. Esta herramienta es especialmente valiosa para trabajar con muestras infecciosas que no pueden abandonar las instalaciones NSB3, permitiendo obtener secciones de alta calidad para inmunofluorescencia y otras aplicaciones.
La plataforma dispone de una estación de trabajo de altas prestaciones diseñada para analizar de manera eficiente los grandes volúmenes de datos generados por los sistemas de microscopía confocal, Digital LightSheet e IncuCyte. Esta workstation integra un procesador Intel Xeon W72495X de 24 núcleos y 48 hilos, una GPU NVIDIA RTX A6000 con 48 GB de memoria GDDR6 y 256 GB de RAM DDR5 ECC, proporcionando la potencia necesaria para reconstrucciones 3D complejas, cuantificación avanzada y procesos intensivos de segmentación basados en IA.
En cuanto al software, la estación está equipada con Imaris 10.1, un programa especializado en visualización y análisis de datos 3D y 4D, además de un amplio conjunto de herramientas opensource como Fiji/ImageJ, QuPath, Matlab y otras soluciones especializadas para la cuantificación, el análisis morfológico y la segmentación multicanal. Todo ello constituye un entorno de análisis completo y optimizado para dar soporte a proyectos de imagen de alta complejidad.
Adicionalmente, la plataforma dispone de un servidor centralizado de almacenamiento de datos (NAS) de más de 60 TB, conectado mediante cableado de alta velocidad a los sistemas de microscopía para garantizar un flujo de datos estable y eficiente. Este servidor es accesible localmente desde la estación de trabajo de análisis de imágenes y, de forma remota, a través de un enlace web seguro desde cualquier lugar del mundo, lo que permite a los equipos investigadores consultar, descargar o compartir datos de manera ágil y flexible, incluso fuera de las instalaciones de IRTA-CReSA.
