Vigilancia de patógenos de importancia veterinaria y sus perfiles de resistencia a los antimicrobianos

Para patógenos de importancia veterinaria y su resistencia a los antimicrobianos (AMR), procedentes de animales terrestres y acuáticos productores de alimentos:
- Abordar la metodología de las pruebas de susceptibilidad antimicrobiana no evaluada previamente para bacterias de animales acuáticos, y proponer ECOFFs y puntos de ruptura clínicos para patógenos bacterianos seleccionados (continuación/suplementación de EARS-VET/EU-JAMRAI).
- Cartografiar la incidencia y prevalencia de patógenos seleccionados y genes AMR identificados por secuenciación del genoma completo (WGS) de cepas aisladas de animales y del entorno circundante, incluida la fauna salvaje.
- Desarrollar centros de datos genómicos y seleccionar/desarrollar herramientas de análisis y visualización para la vigilancia de patógenos y AMR utilizando datos de WGS, armonizados con los sistemas de vigilancia genómica One Health nacionales y europeos.
- Recopilar los datos existentes de la vigilancia pasiva de patógenos de todos los países socios y comparar/describir los perfiles de resistencia que se producen en los diferentes componentes de vigilancia; evaluar el potencial de transferencia de resistencia entre los componentes de vigilancia.
- Identificar la posible transferencia de resistencia entre las bacterias patógenas y las Escherichia coli indicadoras.
- Evaluar la posible propagación de genes de RAM de los animales de granja al entorno circundante, e identificar especies silvestres para la vigilancia centinela.
- Recopilar nuevos datos en estudios de vigilancia activa de patógenos en animales sanos y enfermos en una selección de países; utilizar los datos para la validación de la vigilancia de patógenos y resistencias con metagenómica, comparando los resultados de los enfoques basados en cultivos, WGS y metagenómica.
- Utilizar la metagenómica para identificar asociaciones entre el microbioma y los patógenos/resistencias en animales sanos y enfermos.