Vigilància de patògens d’importància veterinària i els seus perfils de resistència als antitmicrobians

Per patògens d’importància veterinària i la seva resistència a los antimicrobianos (AMR), procedents d’animals terrestres i aquàtics productors d’aliments:
- Abordar la metodologia de les proves de susceptibilitat antimicrobiana no avaluada prèviament per bactèries d’animals aquàtics i proposar ECOFFs i punts de ruptura clínics per patògens bacterians seleccionat (continuació/suplementació de EARS-VET/EU-JAMRAI)
- Cartografiar la incidència i prevalença de patògens seleccionats i gens AMR identificats per seqüenciació del genoma complet (WGS) de soques aïllades d’animals de l’entorn, inclosa la fauna salvatge.
- Desenvolupar centres de dades genòmiques i seleccionar/desenvolupar eines d’anàlisis i visualització per la vigilància de patògens i AMR utilitzant dades de WGS, harmonitzats amb els sistemes de vigilància genòmica One Health nacionals i europeus.
- Recopilar les dades existents de la vigilància passiva de patògens de tots els països socis i comparar/descriure els perfils de resistència que es produeixin en els diferents components de vigilància; avaluar el potencial de transferència de resistència entre els components de vigilància.
- Identificar la possible transferència de resistència entre les bactèries patògenes i les Escherichia coli indicadores.
- Avaluar la possible propagació de gens de RAM dels animals de granja a l’entorn circumdant, i identificar especies silvestres per la vigilància sentinella.
- Recopilar noves dades en estudis de vigilància activa de patògens en animals sans i malalts en una selecció de països; utilitzar les dades per la validació de la vigilància de patògens i resistències con metagenòmica, comparant els resultats dels enfocs basats en cultius, WGS i metagenòmica.
- Utilitzar la metagenòmica per identificar associacions entre la microbioma i els patògens/resistències en animals sans i malalts.