Diat.barcode, un repositori obert de codi de barres genètic per a la identificació de Diatomees

Les diatomees són microalgues que es troben en tot tipus d’aigües i són uns excel·lents indicadors ecològics de l’estat dels ecosistemes aquàtics (marins i d’aigua dolça). Són bioindicadors que permeten detectar el tipus i el grau de contaminació del medi aquàtic deguda a l’activitat humana com és l’eutrofització (contaminació per aportació massiva de nutrients o matèria orgànica), acidificació, salinització, etc.

“Tradicionalment les diatomees s’han identificat usant les característiques morfològiques de la seva paret cel·lular de silici, el que implica l’ús del microscopi, professionals amb coneixements taxonòmics i temps”, explica la investigadora de l’IRTA Rosa Trobajo .

“El codi de barres genètic (DNA-barcode: regió de l’ADN única per a cada espècie) és actualment una alternativa per a la seva identificació i l’ús de les noves tecnologies de seqüenciació massiva permet l’anàlisi ràpida de moltes mostres i a un cost molt menor que les anàlisis al microscopi”, comenta Rosa Trobajo. “No obstant això, perquè sigui possible és indispensable disposar d’un repositori d’aquests codis de barra genètics els quals han d’estar correctament assignats a les espècies”, afegeix la investigadora de l’IRTA.

Diat.barcode és un repositori obert (open access) de seqüències de diatomees que es va iniciar el 2012 i en el què ha participat l’IRTA juntament amb altres 5 Institucions europees.

Per a més informació, podeu consultar l’article a la revista Scientific Reports de Nature: www.nature.com/articles/s41598-019-51500-6