La producción de arroz ecológico en las cuencas mediterráneas es todavía escasa y capitalizada por Italia. En España, la fertilización orgánica para producción de arroz ecológico ha sido ampliamente estudiada durante años y establecida con precisión. Por el contrario, las enfermedades fúngicas y especialmente las malas hierbas son las principales limitadoras de la producción de arroz ecológico peninsular.

Así pues, lo que desanima a los agricultores para la producción de arroz ecológico en España son las afectaciones severas del hongo Pyricularia oryzae y malas hierbas. Ya que los herbicidas y fungicidas químicos están prohibidos en agricultura ecológica, y la escarda manual de malas hierbas es muy costosa e inabordable después de pocos años de cultivo ecológico, pero la rotación de cultivos podría ayudar a reducir el problema de las malas hierbas. Aunque hasta la fecha no se ha logrado una rotación de cultivos exitosa en arrozales costeros, ya que se creía que el arroz es la única especie rentable que podría soportar los altos niveles de salinidad de las zonas arroceras costeras.

El arroz es uno de los cultivos más sensibles a la sal, pero el cultivo mediante inundación con agua dulce permite bajar la salinidad y cultivar arroz en campos altamente salinizados. Las rotaciones de cultivos en arrozales costeros han fallado debido a la alta y rápida salinización de los campos en cuanto se retira el agua de riego.

La quinoa (Chenopodium quinoa Willdenow) se puede utilizar para la rotación de cultivos de arroz en estas áreas salinizadas, ya que ha demostrado una tolerancia a la sal inusualmente alta; muchas variedades pueden crecer en concentraciones de sal tan altas como las que se encuentran en el agua de mar (40 mS cm-1). La quinoa también tiene un alto grado de resistencia a las heladas, pudiendo sobrevivir a -8 ° C durante hasta 4 horas, dependiendo de la fase fenológica y la variedad, siendo útil tanto para las rotaciones de cultivos verano-verano como veranoinvierno. Las semillas de quinoa son una fuente de proteínas de gran valor para la alimentación y han llamado la atención de muchos especialistas en alimentos, y su popularidad es el resultado directo del aumento de la conciencia del consumidor sobre dietas más aludables.

La Unión Europea importó en 2016 cuatro veces más quinoa (26,000 toneladas) que en 2012, principalmente de Bolivia y Perú, aunque podría producirse fácilmente en muchos países mediterráneos. Esta especie puede tolerar amplios rangos de salinidad y temperaturas, siendo un cultivo de alto valor y altamente rentable. Las oportunidades futuras en Europa estarán impulsadas por el desarrollo de la producción interna de quinoa y el creciente uso de la quinoa como parte de la dieta. Además, las importaciones de quinoa ecológica en Europa también están aumentando, siendo las principales importaciones de quinoa en la región. Su alto precio y rentabilidad están moviendo a los agricultores a comenzar a explorar la producción y viabilidad del cultivo de quinoa en Europa. De nuevo, como en el caso del arroz, las malezas son el principal problema con respecto a la producción de quinoa orgánica. La rotación de cultivos con arroz no solo ayudaría a producir ambos cultivos de manera ecológica, sino que también permitiría obtener, por primera vez, dos cultivos al año en los mismos campos de arroz, ya que el cultivo de arroz (verano) y el cultivo de quinoa (invierno) no se superponen.